В процессе работы газоходы системы турбонаддува загрязняются, что снижает ее эффективность, приводит к потере мощности и может вызвать помпаж. Турбина заносится твердыми продуктами сгорания топлива. Поверхности рабочих органов компрессора могут заносится маслом и пылью, засасываемыми из атмосферы машинного отделения, которые проникают сквозь фильтры и осаждаются на рабочих поверхностях. Это снижает эффективность работы компрессора и уменьшает живое сечение воздухоохладителя.

Загрязнения можно удалять при работающем двигателе путем промывки агрегата водой. Тонкая струя чистой пресной воды вводится в потоке воздуха в воздухозаборник компрессора, где она разбивается на капли и очищает поверхности при соударении с ними. Водяной дренажный клапан открыт, однако некоторое количество воды все же попадает в цилиндры. Поэтому в воду нельзя добавлять моющие средства для улучшения очистки, особенно на двигателях с тронковыми поршнями, где возможно попадание воды, в конечном счете, в картер двигателя и таким образом в систему смазки. Растворители на основе углеводородов неприменимы из-за опасности их воспламенения и взрыва, а также возможности неконтролируемого поступления в цилиндры горючих веществ.

Отложения на стенках выхлопного коллектора и рабочих органах турбины состоят из негорючих компонент топлива и продуктов неполного сгорания топлива и смазочных масел. Они образуют прочные пленки, которые тормозят газовые потоки, вызывают местный перегрев, снижают эффективность турбины и даже могут нарушить балансировку ротора.

Промывка водой может быть использована также для очистки газоходов системы. Небольшая струя воды вводится в газовый поток перед фильтрами, увлажняя и размягчая отложения, уменьшая их адгезию, что обеспечивает унос частиц газовым потоком. Попадание воды на очень горячие поверхности может вызвать термический удар, поэтому перед такой обработкой необходимо снизить обороты и нагрузку двигателя чтобы понизить температуру системы. Водяной дренаж должен быть открыт. Необходимо следить за балансировкой ротора турбокомпрессора, которая может быть нарушена при отрыве значительных масс загрязнений, что вызовет повышение вибрации.

Осмотр и более тщательная очистка деталей турбонагнетателя с применением физических и химических средств должны проводиться при каждой разборке агрегата.